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植物分子發育學、基因體學、生物資訊學、蘭花花形調控及創新應用、蘭花組織培養體株變異機制之研究及應用、藥用蘭花二次代謝產物之分析及應用
植物生物資訊、基因調控網路建構、系統生物學
植物微生體學、基因體學、演化生物學
葉綠體生理、植物生理、植物細胞與分生
分子生物、植物生理、功能基因體學